Zgodnie z Wytycznymi Ministra Rozwoju Regionalnego z 15 stycznia 2009 r. w zakresie wybranych zagadnień związanych z przygotowaniem projektów inwestycyjnych, w tym projektów generujących dochód całkowity koszt inwestycji powinien zawierać podatek VAT, niezależnie od tego czy przepisy krajowe przewidują możliwość jego odzyskania, czy też taka możliwości nie została przewidziana.

Podatek VAT powinien być ujęty w tabeli kosztu całkowitego jako osobna kategoria. Całkowity koszt inwestycji brany jest pod uwagę przy określaniu, czy dany projekt należy do kategorii dużych projektów, o których mowa w art. 39rozporządzenia Rady (WE) nr 1083/2006 oraz – w przypadku projektów współfinansowanych z Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego lub Funduszu Spójności – czy dany projekt podlega reżimowi prawnemu art. 55 ust.1-4 ww. rozporządzenia.