Procedury oraz harmonogram dla PJB:
Procedury
1.	W oparciu o złożone wnioski wstępne, Zarząd Funduszu tworzy listę zadań do dofinansowania w kolejnym roku, a następnie uzgadnia ją z odpowiednimi dysponentami części budżetowej i przedstawia ją Ministrowi Środowiska.
2.	Na podstawie kompletnych wniosków szczegółowych, zgodnych z listą zadań i złożonych w wyznaczonym terminie, Zarząd Funduszu podejmuje decyzje o dofinansowaniu. 
3.	Po uprawomocnieniu się uchwały Zarządu zostaje przygotowana umowa dofinansowania (termin podpisania umowy z PJB jest uzgadniany telefonicznie).
4.	Niezwłocznie po zawarciu umowy z Funduszem, Kierownik PJB zobowiązany jest złożyć, za pośrednictwem właściwego dysponenta części budżetowej, wniosek do Ministra Finansów o zapewnienie dofinansowania zadania z rezerwy celowej. Wniosek taki należy złożyć uprzednio w Centrali Funduszu, celem podpisania na nim zobowiązania dofinansowania przez Fundusz (dwa egzemplarze wniosku pozostają w dokumentacji Funduszu).
5.	Powyższe wystąpienie z wnioskiem o zapewnienie dofinansowania nie jest wymagane dla dalszej procedury, jeżeli PJB dokonuje wyboru wykonawcy (zgodnie z ustawą Prawo zamówień publicznych) w oparciu o zbilansowanie zadania środkami własnego budżetu.
6.	Po uzyskaniu decyzji MF o zapewnieniu finansowania realizacji wydatków, PJB dokonuje wyboru wykonawcy zadania (nie później niż do 28.09.2012 r.).
7.	Niezwłocznie po zawarciu umowy z wykonawcą zadania, PJB występuje do MF z wnioskiem o korektę decyzji o zapewnieniu dofinansowania oraz składa kopię umowy wraz z oświadczeniem o wyborze wykonawcy zgodnie z ustawą Prawo zamówień publicznych, w Centrali Funduszu.
8.	PJB, które stosują procedurę, o której mowa w pkt. 5, występują do Ministra Finansów o decyzję w  sprawie zmian w budżecie państwa na dany rok.
9.	Na podstawie dokumentów określonych w punkcie 7. Fundusz przygotowuje aneks do umowy dofinansowania, urealniając koszt zadania i wysokość dofinansowania. 
10.	Po podpisaniu aneksu (termin uzgodniony telefonicznie), Kierownik PJB zobowiązany jest niezwłocznie wystąpić do właściwego dysponenta części budżetowej z wnioskiem o uruchomienie środków z rezerwy celowej. Wniosek taki wcześniej musi zostać zaakceptowany przez Fundusz. W tym celu należy złożyć w Funduszu cztery egzemplarze wniosku oraz kopie decyzji, o których mowa w pkt. 4 lub 8, jeżeli nie były przedstawione wcześniej.
11.	Na podstawie wniosku, o którym mowa w punkcie 10, Fundusz dokonuje przelewu środków na właściwy rachunek w Ministerstwie Środowiska.
12.	Kierownik PJB jest zobowiązany, w terminie 14 dni od dokonania zapłaty ze środków Funduszu, przedstawić w Centrali Funduszu rozliczenie wykorzystania środków na drukach obowiązujących w Funduszu (Instrukcja rozliczenia raty), wraz z kopią faktur, potwierdzeniem zapłaty oraz częściowymi/końcowymi protokołami odbioru robót.
13.	 Kierownik PJB jest zobowiązany nie później, niż do 12.12.2012 r. złożyć końcowe rozliczenie wykorzystania środków Funduszu wg. wzoru, stanowiącego załącznik do nin. Instrukcji, wraz z kopiami faktur, potwierdzeniem zapłaty oraz częściowymi/końcowymi protokołami odbioru prac.
14.	Końcowe rozliczenie zadania, PJB składają w Funduszu w terminie określonym w umowie dofinansowania.

Przypominamy o konieczności zaokrąglaniu dofinansowania do pełnego złotego (w dół – w przypadku wykazania mniej niż 50 groszy, gdy 50 groszy lub więcej – w górę)

Harmonogram
02.03.2012 r. Termin składania w odpowiednim Wydziale Zamiejscowym Funduszu (lub, jeśli jest to uzasadnione terytorialnie, do Centrali Funduszu) wniosków wstępnych o dofinansowanie zadań w 2013 roku
29.06.2012 r. Termin składania w odpowiednim Wydziale Zamiejscowym Funduszu (lub, jeśli jest to uzasadnione terytorialnie, do Centrali Funduszu) wniosków szczegółowych, zgodnie z listą zadań na 2012 rok.
03.10.2012 r. ostateczny termin wystąpienia do dysponenta części budżetowej z wnioskiem o korektę wcześniej wydanych decyzji.
Ostateczny termin składania do Ministra Środowiska wniosków o zmianę klasyfikacji wydatków:
07.12.2012 r.  dla zadań, które uzyskały zapewnienie dofinansowania
02.11.2012 r. dla pozostałych zadań.
03.12.2012 r. ostateczny termin składania w Centrali Funduszu wniosków o uruchomienie środków z rezerwy celowej.
12.12.2012 r. ostateczny termin składania w Centrali Funduszu końcowego rozliczenia wykorzystania środków Funduszu.